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INSPI sube a GISAID sus primeros tres genomas de SARS-COV-2 secuenciados
Desde Ecuador se han subido 78 genomas de SARS-COV-2 secuenciados, hasta el momento
Jueves, 08 de octubre de 2020, a las 13:29
El INSPI se encuentra validando la tecnología de secuenciación de nanoporos. Foto refencial. |
Redacción. Quito
El Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública (INSPI) ha informado que ha subido en la plataforma GISAID los primeros genomas de SARS-COV-2 secuenciados y ensamblados por un equipo técnico de la institución.
“Tres genomas secuenciados localmente han sido reportados a la plataforma GISAID y corresponden al linaje 20 B, uno de los más frecuentes en Europa”, ha informado el INSPI.
“El trabajo de laboratorio lo hicimos con Doménica de Mora y Denisse Portugal del Centro de Referencia Nacional de Influenza y otros Virus Respiratorios, la bioinformática con Andrés Carrazco y Orson Mestanza”, ha señalado en su cuenta de Twitter, Leandro Patiño, biólogo molecular del INSPI.
La secuenciación de genomas (todos los genes) consiste en determinar el orden concreto de los componentes del ADN o ARN que contienen la información hereditaria y las propiedades bioquímicas de cada individuo. En el caso de SARS-CoV-2 es útil para determinar los países o regiones de procedencia del virus, el número de linajes (variantes genéticas) que circulan en una región, la distribución geográfica de cada linaje y si alguno podría causar mayor o menor gravedad de CoVID19.
En la actualidad, la secuenciación de genomas se obtiene a través de la tecnología genómica, un campo multidisciplinario asociado a la secuenciación masiva (de nueva generación o de alto rendimiento) y al desarrollo de supercomputadores y la disciplina de bioinformática.
Existen varios métodos de secuenciación masiva, el INSPI se encuentra validando la tecnología de secuenciación de nanoporos, una de las más usadas para la secuenciación de SARS-CoV-2. En este método el ADN o ARN pasa a través de microporos, a medida que los traspasa se genera una señal eléctrica específica de acuerdo a la estructura química de cada uno de sus componentes, la señal eléctrica para cada componente de la molécula se registra secuencialmente en un computador.
El tamaño del genoma del SAR-CoV-2 es de aproximadamente 30.000 nucleótidos. Su secuenciación se realiza en fragmentos de 400 nucleótidos, que deben ser ordenados y ensamblados utilizando un genoma de referencia como plantilla, algo comparable a armar un rompecabezas. Este trabajo se lo hace con herramientas bioinformáticas.
El dato
A la plataforma GISAID, desde Ecuador se han subido 78 genomas de SARS-COV-2 secuenciados hasta el momento: 75 por investigadores del Instituto Microbiología de la Universidad San Francisco de Quito (USFQ) y 3 por el equipo técnico del INSPI.
